1977年大阪生まれ。日本でピアノと作曲を久保洋子、近藤圭の各氏に、京都市立芸術大学にて前田守一、松本日之春の各氏に師事。2002年より、拠点をパリに移し、フランス国立パリ高等音楽院にて作曲、電子音楽、楽曲分析をフレデリック・デュリュー、アラン・ゴーサン、マルコ・ストロッパ、ルイス・ナオン、クロード・ルドゥー、ミカエル・レヴィナスの各氏に師事し、ジュネーヴ音楽院にてミカエル・ジャレル氏に師事。 

2007年より2009年までヤン・マレシュ氏指導の元イルカムにて研究員を務める。 

酒井健治の作品は、アンサンブル・コントルシャン、東京フィルハーモニー交響楽団、新日本フィルハーモニー交響楽団、東京シンフォニエッタ、ポンピドゥーセンターにて「アストラル／クロモプロジェクション」を初演したアンサンブル・アンテルコンタンポラン等のオーケストラ、アンサンブルに演奏されている。 2009−2010年のシーズンでは、フェスティバル・アゴラ（パリ）、フェスティバル・アカント（メッス）、サントリーサマーフェスティバル（東京）、フェスティバル・ムジカ（ストラスブール）等にて演奏、2011年5月には、ジョナサン・ノット指揮ルツェルン交響楽団により新作「ネブラス・ニクス」が初演される予定である。 

2003年より、文化庁、ロームミュージックファンデーション、野村財団、フランス著作権協会に奨学金、助成を受け、またコンクールでは、ジョルジュエネスコ国際コンクール作曲部門グランプリ（2007）、ヘルムート・ラッヘンマン氏の審査による武満徹作曲賞第一位（2009）、ルツェルン・アートメンターファンデーション賞（2010）等受賞している。